Cepljenje dokazano zaščiti pred nalezljivimi boleznimi, saj se s higieno ne moremo popolnoma zaščititi pred okužbo niti s hrano pridobiti imunosti. Zaradi visokega deleža cepljenih otrok se v Sloveniji nekatere nalezljive bolezni ne pojavljajo več ali pa se je njihovo število bistveno znižalo. Tako se ne srečujemo več z obolelimi otroki, priključenimi na dihalno napravo zaradi paralize dihalnih mišic, ki bi jo povzročil virus otroške paralize, ne vidimo več otrok, ki bi se dušili zaradi davice, ali otrok z možgansko okvaro zaradi ošpic.

S cepljenjem zaščitimo predvsem sebe. Naše možnosti, da bi zboleli za katero od teh bolezni so sicer majhne, a ker se še vedno pojavljajo, se lahko okuži vsak, ki ni zaščiten. Poleg tega ljudje čedalje več potujemo, zato lahko nezaščiteni potniki vnesejo k nam iz dežel, kjer se nekatere nalezljive bolezni še vedno pojavljajo. Takšen primer so ošpice, ki so se v zadnjih letih ponovno začele pojavljati tudi v Sloveniji.

S cepljenjem poleg sebe proti nekaterim nalezljivim boleznim posredno zaščitimo tudi druge (kolektivna zaščita) in s tem zaustavimo širjenje nalezljivih bolezni. To je posebej pomembno za tiste, ki zaradi zdravstvenih razlogov (na primer osnovne bolezni, ki je nezdružljiva s cepljenjem) ne morejo biti cepljeni.